使用全自動移液工作站首先是確定實驗流程中的所有步驟：從初始樣品分離到后的數據生成，這也包括所有的實驗前準備，如緩沖液和反應混合物的制備。接下來是確定實驗能允許多大的誤差從而對于產生好的數據沒有明顯的影響。
有些應用和步驟對于實驗過程中的誤差相比于其他步驟要更敏感，例如所有包含擴增的實驗，如qPCR，對于誤差就可能非常敏感，而簡單的緩沖液制備步驟就不會。
移液工作站（移液器）和吸頭的選擇欠佳以及不正確的移液技術都可能是實驗誤差的主要來源，如任何需要通過標準品連續稀釋制作標準曲線的實驗都可能會受到欠佳的移液系統的影響。在選擇*自動移液工作站的量程和類型后，接下來就是確定實驗中的吸頭是否正確。
吸頭一般是由聚丙烯制成的，盡管具有惰性但聚丙烯潛在的因素仍應該考慮。不同的聚丙烯材料決定了生產過程的一些特定要求，而且生產過程中其他添加物也會影響制作流程。其中一些添加劑可能從吸頭中浸出并影響實驗結果。
為了克服這一問題，建議購買沒有溶出物的吸頭，確保供應商提供所有溶出物和污染物敏感性檢測的書面證據。污染物包括DNA和熱源，如果制造和包裝過程不是在潔凈室環境下進行的，那么這些污染物就很有可能存在。有很多耗材成型和包裝設施設備并沒有得到很好的控制。
